Se actualizo de Windows 2003 a Windows 2012 R2 que tenia una relación de confianza contra un samba 3, para que esto se mantenga debes modificar el registro del windows,
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Services\LanManWorkstation\Parameters]
“DNSNameResolutionRequired”=dword:00000000
“DomainCompatibilityMode”=dword:00000001
Y listo, es el mismo proceso para unir un windows 7 o superior a un dominio samba 3.
Esta es una Excelente referencia.